Dalam pelaksanaan program dan kegiatan Balai Pengelolaan Sumber Daya Air Serayu Citanduy dibentuk berdasarkan Peraturan Gubernur Jawa Tengah Nomor 37 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis pada Dinas Pekerjaan Umum Sumber Daya Air dan Penataan Ruang Provinsi Jawa Tengah dengan struktur organisasi sebagai berikut:
